
Quinze ans après un événement cataclysmique connu sous le nom de Second Impact, le monde fait face à une nouvelle menace : des êtres célestes monstrueux appelés Anges envahissent Tokyo-3 un par un. L'humanité est incapable de se défendre contre les anges malgré l'utilisation de ses munitions les plus avancées et de ses tactiques militaires. Le seul espoir de salut humain repose entre les mains de NERV, une organisation mystérieuse dirigée par le froid Gendou Ikari. NERV exploite des robots humanoïdes géants surnommés "Evangélons" pour combattre les Anges avec des armes de pointe et des barrières de protection connues sous le nom de Champs de terreur absolus. Des années après avoir été abandonné par son père, Shinji Ikari, le fils âgé de 14 ans de Gendou, revient à Tokyo-3. Shinji subit une bataille intérieure perpétuelle contre le traumatisme profondément enterré causé par la perte de sa mère et la négligence émotionnelle qu'il a subie de la part de son père. Terrifié de s'ouvrir à un autre, la vie de Shinji est changée pour toujours lors de la rencontre de Misato Katsuragi, 29 ans, un officier de haut rang du NERV qui lui montre une bonté maternelle libre d'esprit qu'il n'a jamais vécue. Une attaque dévastatrice d'Ange force Shinji à agir alors que Gendou révèle son véritable motif d'inviter son fils à Tokyo-3 : Shinji est le seul enfant capable de piloter efficacement Evangelion Unit-01, un nouveau robot qui se synchronise avec sa biométrie. Malgré le traumatisme psychologique brutal provoqué par le pilotage d'un Évangélon, Shinji défend Tokyo-3 contre la menace angélique, ignorant les machinations sombres de son père.