
En 2015, plus d'une décennie s'est écoulée depuis l'événement catastrophique connu sous le nom de Second Impact. Au cours de cette période de rétablissement, quelques-uns des êtres connus sous le nom d'Anges – des entités malveillances colossales dans l'intention de déclencher le Troisième Impact et d'éliminer le reste de l'humanité. Appelé dans la ville de Tokyo-3 par son père Gendou Ikari, l'adolescent Shinji est poussé de front dans la lutte de l'humanité. Séparé de Gendou depuis la mort de sa mère, Shinji présume que son père veut réparer leurs liens familiaux brisés; au lieu de cela, il découvre qu'il a été amené à piloter une machine géante capable de combattre les anges, Evangelion Unit-01. Forcé à combattre les vagues après les vagues de la plus grande menace de l'humanité, le jeune garçon se retrouve pris au milieu d'un plan qui pourrait affecter l'avenir de l'humanité pour toujours.