
Shinji Ikari est laissé émotionnellement coma après la mort d'un ami cher. Avec son fils mentalement incapable de piloter le robot humanoïde Evangelion Unit-01, le NERV de Gendou Ikari se bat contre l'organisation fantôme SEELE pour voir qui peut adopter leur plan ultime d'abord. SEEL désire créer un être divin en fusionnant leurs propres âmes en une unité d'Evangélon, tandis que Gendou souhaite ramener toute l'humanité en un seul être primordial afin qu'il puisse être réuni avec Yui, sa femme décédée. SEEL lance ses forces militaires dans une invasion mortelle du quartier général de la NERV. Alors que les forces de SEELE coupaient les scientifiques et le personnel de sécurité de NERV, Asuka Langley Souryu pilote Evangelion Unit-02 dans une dernière position désespérée contre les armes les plus lourdes de SEELE. La bataille fait rage, et un Shinji déprimé se cache profondément dans le quartier général de NERV. Avec le destin du monde reposant dans les mains de Shinji, le capitaine Misato Katsuragi chasse pour l'adolescent alors que la société s'écroule autour d'eux.