
Par un froid jour de décembre, Kyon arrive à l'école préparé pour une autre sortie avec ses collègues de la Brigade SOS. Cependant, à sa grande surprise, il découvre que presque tout a complètement changé : Haruhi Suzumiya et Itsuki Koizumi ne se trouvent nulle part ; Mikuru Asahina ne le reconnaît pas du tout ; Yuki Nagato est un humain régulier ; et Ryouko Asakura est mystérieusement revenu. Bien qu'il ne soit pas étranger au surnaturel, Kyon est perturbé par ce tournant étrange des événements et décide d'enquêter seul. Se trouvant lui-même la seule personne consciente de la réalité précédente, Kyon est maintenant confronté à un choix difficile: enfin vivre la vie normale qu'il a toujours voulu, ou découvrir un moyen de retourner les mains du temps et de restaurer son monde chaotique et familier.