
Dans un univers familier mais différent, Yuki Nagato est le président du club littéraire de North High School. Ses amis, le Ryouko Asakura trop prudent et le Kyon complètement moyen, sont les seuls autres membres du club. Néanmoins, Yuki jouit de la paix et du calme qu'elle partage avec eux, surtout quand elle est avec Kyon, sur qui elle a le béguin. Au mélange s'ajoutent Tsuruya et Mikuru Asahina, deux amis avec des personnalités opposées qui s'arrêtent souvent au Literary Club. Tout en rentrant à son appartement un jour froid de décembre, Yuki est contraint de dessiner des symboles étranges sur le sol par une fille supposée tenter de capturer le Père Noël. La fille se présente comme Haruhi Suzumiya, une étudiante excentrique de la prestigieuse Académie Kouyouen qui est à la recherche d'étrangers, de voyageurs dans le temps et d'esperons. Lorsque Haruhi et son ami Itsuki Koizumi se présentent soudainement dans la salle de club, ils se déclarent membres officiels du Literary Club, Haruhi s'installant comme président exécutif. Avec les jours tranquilles du Literary Club maintenant derrière eux, Yuki et ses amis se retrouvent pris dans une série de mésaventures sous la direction de Haruhi – chaque incident rapprochant Yuki et Kyon plus que jamais auparavant.