
Si une enquête était menée pour voir si les gens croyaient aux étrangers, aux voyageurs dans le temps, ou peut-être aux esperons, la plupart diraient qu'ils ne le font pas; l'élève moyen du secondaire Kyon se considère parmi les non-croyants. Cependant, lors de son premier jour d'école, il rencontre une fille qui va bientôt renverser son monde. Lors des présentations en classe, la belle Haruhi Suzumiya annonce hardiment son ennui avec des gens « normaux » et son intention de rencontrer des êtres surnaturels. Doucement, Kyon apprend sa frustration par l'absence de clubs paranormaux dans leur école et l'inspire involontairement à créer son propre club. Elle crée la Spreading Fun dans le monde entier avec la Brigade Haruhi Suzumiya, connue sous le nom de Brigade SOS. Suite à la fondation de la Brigade SOS, Haruhi parvient à recruter Kyon et trois autres membres : Yuki Nagato, l'homme timide de classe supérieure Mikuru Asahina, et toujours positif Itsuki Koizumi. Malgré leur apparence normale, les nouveaux membres de la brigade SOS portent chacun leurs propres secrets liés à Haruhi. Pris dans le mystère qui entoure le chef excentrique du club, Kyon se retrouve à l'écart d'une série de mésaventures de Haruhi et de la Brigade SOS, chacune le rapprochant de la vérité sur qui et ce qu'elle est.