
Dans un monde post-apocalyptique, le dernier établissement humain restant au Japon est la ville fortement fortifiée de Tokyo-3. Shinji Ikari, âgé de 14 ans, est amené au siège de NERV, une organisation souterraine dirigée par son père, Gendou. Il demande que Shinji devienne un pilote d'un "Evangélon", un androïde colossal construit pour lutter contre les créatures extraterrestres monstrueuses et destructrices appelées "Angels" qui ravagent la planète et menacent la survie de la race humaine restante. Bien qu'initialement réticent, Shinji est influencé par l'idée de se réconcilier avec son père, et accepte d'aider à l'effort périlleux de l'humanité contre sa menace extraterrestre, en tant que pilote de l'Unité Evangelion-01. Au milieu d'un champ de bataille dangereux, Shinji doit trouver le courage et la détermination nécessaires pour affronter les incursions des anges avant qu'il ne soit trop tard.