
La porte du monde numérique est fermée depuis trois ans. Taichi Yagami et ses amis sont partis depuis, et maintenant qu'il est en deuxième année de lycée, il est temps pour lui de grandir. Alors que tout le monde sait ce qu'il veut faire de sa vie, Taichi reste incertain. Pendant ce temps, le groupe s'éloigne davantage en suivant ses propres voies. Un jour, un insecte voyou Digimon appelé Kuwagamon se matérialise et perturbe l'électronique dans toute la ville. Taichi poursuit imprudemment et finit coincé par l'attaque de Digimon. Soudain, le Digivice qu'il porte encore – un appareil numérique qui sert diverses fins, y compris aider son partenaire Digimon à évoluer – souffle, et Agumon apparaît. Les deux sont capables de vaincre Kuwagamon, mais pourquoi le Digimon a-t-il traversé ce monde en premier lieu ? Que se passe-t-il dans le monde numérique, et comment cela implique-t-il exactement Meiko Mochizuki, le nouvel étudiant en transfert dans la classe de Taichi ?