
Digimon infecté – des monstres numériques qui ont commencé à agir de manière berker et qui connaissent une augmentation bizarre du pouvoir – envahissent le monde réel. Alors que Maki Himekawa et Daigo Nishijima, agents de la mystérieuse agence administrative constituée en société, tentent d'en apprendre davantage sur ces apparences perturbatrices, la plupart des enfants élus sont occupés à préparer le festival d'été de l'école secondaire générale de Tsukishima. Mimi Tachikawa, qui est récemment revenue au Japon après avoir vécu aux États-Unis pendant des années, lutte pour se retrouver parmi ses camarades de classe et ses compagnons d'enfants élus. Pendant ce temps, en se jetant dans ses études, Jou Kido a délibérément évité toutes les questions liées à Digimon, faisant fuir son partenaire Gomamon. Les actions individuelles de Mimi et Jou provoquent des frictions au sein du groupe, même si la menace de Digimon infecté les menace encore. Les deux vont-ils résoudre leurs conflits personnels à temps pour aider leurs amis à combattre la dernière menace?