
Les enfants élus sont en état de choc après la trahison de Meicoomon, le monstre numérique qui avait récemment rejoint leur groupe aux côtés de son partenaire humain, Meiko Mochizuki. Koushirou Izumi est déterminé à diagnostiquer l'infection qui a pris le contrôle de Meicoomon. Pendant ce temps, Takeru Takaishi réalise que son propre partenaire, Patamon, commence à présenter des symptômes alarmants semblables à ceux d'autres Digimon infectés, comme Meicoomon. Juste alors, les enfants élus reçoivent un message de l'entité mystérieuse Homeostasis, qui les informe que leur monde est en danger de destruction totale – et le monde numérique, la maison du Digimon, est aussi. L'homéostasie prévoit de lancer un « redémarrage », qui réinitialisera toutes les données qui composent le monde numérique et éradiquera l'infection. Cependant, le Reboot effacera également les souvenirs de tous les Digimon, y compris les partenaires des enfants. Les enfants élus peuvent-ils arrêter Meicoomon avant que le Reboot ne devienne nécessaire, ou est-ce la fin de leur temps avec leur Digimon?