
Les enfants élus ont été réunis avec leurs partenaires Digimon, qui ne se souviennent plus d'eux en raison des effets d'une réinitialisation numérique. Alors que tout le monde essaie de renouer avec leurs monstres numériques, Sora Takeouchi rencontre la résistance de Piyomon, qui refuse obstinément de lui parler. Soudain, une attaque d'un Digimon hostile sépare le groupe, les dispersant et leur Digimon à travers le monde numérique. De retour dans le monde humain, Daigo Nishijima de l'Agence Administrative Incorporée reçoit un avertissement qu'une nouvelle entité est à la recherche de « Libra », ce qu'il croit être un alias pour Meicoomon. Pour une raison quelconque, Meicoomon conserve tous ses souvenirs et rappelle donc toujours son partenaire Meiko Mochizuki, qui est venu seul dans le monde numérique pour la trouver. S'ils espèrent identifier les autres forces qui ont conduit les incidents jusqu'à présent, les enfants choisis doivent survivre aux obstacles du monde numérique recréé et rentrer chez eux.