
Obsédé par la vengeance contre le roi des Jeux, Seto Kaiba commence une fouille en Egypte pour trouver les fragments du Puzzle du Millénaire, qui a autrefois conservé l'esprit du « contre-partie Yuugi ». Cependant, un homme masqué vole deux morceaux du Puzzle et disparaît avant qu'il puisse être reconstruit. Pendant ce temps, en dernière année de lycée, Yuugi Mutou et ses amis planifient leur avenir, ignorant le danger qui se profile à proximité. Oui ! Le côté obscur des dimensions raconte l'histoire des forces vindicatives qui déforment la réalité de quelque façon qu'elles plaisent. Seto et Yuugi vont-ils dépasser leurs différences et sauver le monde, ou la cupidité de Seto va-t-elle le rendre meilleur?