
Après qu'un inferno mystérieux tue sa famille, Shirou est sauvé et adopté par Kiritsugu Emiya, qui lui enseigne les voies de la magie et de la justice. Un soir, des années après la mort de Kiritsugu, Shirou nettoie à l'école, quand il se retrouve pris au milieu d'une rencontre mortelle entre deux surhumains appelés Servants. Lors de sa tentative de fuite, le garçon est pris par l'un des Serviteurs et subit une blessure mortelle. Miraculeusement, il survit, mais la même Servant revient pour finir ce qu'il a commencé. Dans le désespoir, Shirou convoque un Servant de sa propre personne, un chevalier nommé Saber. Les deux doivent maintenant participer à la cinquième guerre du Graal, une bataille royale de sept serviteurs et les mages qui les ont convoqués, le grand prix n'étant autre que le Graal omnipotent lui-même. Le destin / nuit de séjour suit Shirou, alors qu'il lutte pour trouver la fine ligne entre un héros et un tueur, ses idéaux s'opposent à la dure réalité autour de lui. Le garçon deviendra-t-il un héros comme son père adoptif, ou mourra-t-il en essayant ?