

Academy City, Japon, est à l'avant-garde de la science. En plus d'être 30 ans d'avance sur le monde technologiquement, plus des trois quarts de la population de cette ville particulière se compose d'étudiants développant leurs capacités psychiques en tant qu'esperons dans diverses institutions. Parmi ces élèves se trouve Touma Kamijou, un lycéen avec le plus bas rang psychique de zéro, mais avec un pouvoir mystérieux aucun scientifique ne peut comprendre : « Imagine Breaker », ce qui lui permet de nier d'autres capacités surnaturelles. Cela, cependant, n'affecte pas la vie de Kamijou dans la moindre mesure qu'il joue son rôle d'adolescent régulier; c'est-à-dire, jusqu'à ce qu'il rencontre l'étrange Index Librorum Interditorum, une jeune fille qui a mémorisé l'ensemble des grimoires interdits, et maintenant une organisation dangereuse est à la chasse Index vers le bas. Avec plusieurs magiciens cherchant à nuire à la fille, Kamijou défendra à tout prix son nouveau compagnon alors qu'il découvre un étrange nouveau royaume du surnaturel.