
Se déguisant en êtres humains, les homosexuels habitent le monde pour s'en prendre à la population non suspecte. Créé il y a longtemps par des alchimistes d'Europe, l'homunculi est difficile à éliminer sans armes connues sous le nom de Kurogane. Chaque Kurogane a une forme unique selon l'instinct de son wielder, prenant la forme de capacités spéciales appelées Busou Renkin. En rentrant de l'école un jour, Kazuki Mutou repère une fille sans défense attaquée par un homunculus. Mais alors qu'il tente d'intervenir, la fille finit par sauver la vie de Kazuki, brisant sa vision du monde ignorante. La fille se présente comme Tokiko Tsumura, et Kazuki apprend bientôt qu'elle a accidentellement implanté un Kurogane en lui. A présent entraîné involontairement dans la lutte contre l'homunculi, Kazuki doit renoncer à son ancienne vie de loisir pour protéger ceux qu'il tient à cœur.