

L'année est 2045, et l'intelligence artificielle a connu d'énormes développements. Les gouvernements les utilisent comme armes, se livrant à une guerre sans fin pour soutenir leur économie. Le groupe de mercenaires GHOST, dirigé par le major Motoko Kusanagi, n'est pas étranger à ce paysage. Toutefois, l'innovation rapide de cette technologie entraîne une nouvelle menace à l'horizon. Ayant quitté la Section de la sécurité publique 9, Kusanagi et son groupe sont impliqués dans de nombreuses opérations mondiales liées à ces guerres par procuration. Mais une tâche apparemment simple de trouver un marchand d'armes entraîne GHOST dans un conflit caché contre des individus cybernétiques renforcés, qui ont inexplicablement acquis une intelligence et des capacités physiques extrêmes. L'émergence des « post-humains » mis à nu déclenche une chaîne d'événements menant à la réunion de la Section 9. Armé d'une nouvelle mission, il revient à Kusanagi et à son équipe rétablie de prévenir le chaos mondial aux mains de ces post-humains.