

2034. Cela fait deux ans que Motoko Kusanagi a quitté la Section 9. Togusa est maintenant le nouveau chef de l'équipe, qui a considérablement augmenté son personnel nommé. La nouvelle section 9 élargie fait face à une éruption d'incidents compliqués, et les enquêtes révèlent qu'un hacker ultra-wizard nommé le Puppeteer est derrière toute la série d'événements. Au milieu de tout, Batou, qui traque l'affaire sur une piste séparée, rencontre Motoko. Elle s'en va après avoir dit : "Restez loin de la Solid State Society." Batou a un doute dans son esprit. Motoko pourrait-il être le Puppeteer ? La série d'incidents intrigants auxquels l'article 9 fait face se lie progressivement presque artistiquement. Qui est le Puppeteer ? Qu'adviendra-t-il de la relation de Batou avec Motoko ? Quelle est la vérité derrière ce crime parfait soigneusement planifié? Et quel en sera le résultat? Les mystères entourent la Solid State Society...