

En 2029, la ville de Niihama est devenue une métropole technologiquement avancée. Grâce à de grandes améliorations en cybernétique, ses citoyens peuvent remplacer leurs membres par des pièces robotiques. Le monde est maintenant plus interdépendant que jamais, et la Section 9 de la sécurité publique de la ville est responsable de la lutte contre la corruption, le terrorisme et d'autres menaces dangereuses à la suite de ce virage vers la mondialisation. Le major Motoko Kusanagi, de la Section 9, est le fer de lance d'une affaire impliquant un mystérieux hacker connu uniquement sous le nom de "Maître de Marionnettes", qui laisse une trace de victimes dépouillées de leurs souvenirs. Comme beaucoup dans ce monde futuriste, le corps du Puppet Master est presque entièrement robotique, leur donnant une puissance incroyable. Alors que Motoko et ses subordonnés suivent la piste du criminel énigmatique, d'autres parties – y compris la section 6 – commencent à s'impliquer, la forçant à affronter la nature extrêmement compliquée de l'affaire. Pensant à diverses questions philosophiques, telles que le sens de sa propre vie, Motoko se rend bientôt compte que celui qui fournira ces réponses n'est autre que le Puppet Master eux-mêmes.