

Trois ans après la résolution de la conspiration du projet Babylon, les membres de l'unité Patlabor de Kiichi Gotou se sont séparés. Gotou reste avec l'équipe Patlabor, accompagné de Shinobu Nagumo, son béguin romantique et camarade. Jouissant dans le scepticisme du public à l'égard de la Force japonaise d'autodéfense terrestre, une organisation terroriste commence à travailler au sein de l'armée pour provoquer la destruction et des troubles civils massifs dans tout le Japon. Nagumo apprend que le cerveau derrière le complot terroriste croissant n'est autre que Yukihito Tsuge, son ancien mentor et amant. Gotou rassemble son ancienne équipe Patlabor, dirigée par le pilote Noa Izumi. Diriger l'équipe dans une mission d'arrestation de Tsuge, Nagumo doit s'entendre avec ses relations passées compliquées afin de sauver le Japon.