

Dans l'année Cosmic Era 0071, la colonie spatiale Heliopolis reste neutre dans la grande guerre qui fait rage à travers la galaxie entre les Coordinateurs, les êtres humains dont les traits biologiques ont été modifiés avant la naissance, et les Naturals, les personnes non altérées qui restent sur la planète Terre. La haine profonde des Naturals à l'égard des Coordonnateurs a conduit les êtres avancés dans l'espace, cherchant refuge dans des colonies artificielles. Kira Yamato est coordinatrice et étudiante à Heliopolis, quand sa vie est jetée dans le désordre comme ZAFT, l'organisation militaire composée de coordonnateurs rebelles, attaque la colonie dans un effort pour voler un ensemble de cinq costumes militaires mobiles à la fine pointe de la technologie, appelés Gundams. Alors que ZAFT parvient à se défaire avec quatre des combinaisons mobiles, Kira prend le contrôle du dernier Gundam, la Strike. Survivant à la bataille, Kira et ses amis d'université se joignent à l'équipage de l'Archange, un navire dirigé par l'Alliance de la Terre, et les jeunes soldats font l'expérience des horreurs de la guerre et des pertes qui en découlent.