
Après une guerre catastrophique contre une race de géants connue sous le nom de Zentradi, l'humanité s'est échappée vers le centre de la galaxie à bord d'une flotte de navires coloniaux appelée la Frontière de Macross. Comme la menace extraterrestre est laissée de plus en plus loin derrière, la vie à Macross Frontier se poursuit comme d'habitude. En 2059, un jeune pilote mecha nommé Alto Saotome et ses collègues se préparent à effectuer une routine d'accompagnement pour le célèbre chanteur Sheryl Nome, venu à Macross Frontier pour un concert. Au cours de la performance, une espèce extraterrestre biomécanique connue sous le nom de Vajra fait une apparition soudaine, brisant le périmètre défensif entourant le navire et s'abattant près du lieu du concert, plongeant toute la ville dans le chaos. Alors que les concerteurs s'évacuent, une jeune fille du nom de Ranka Lee est laissée derrière elle et est prise pour cible par le Vajra, mais elle est sauvée à la dernière minute par Alto. À la suite de ces événements, le programme des Services militaires stratégiques souligne l'habileté d'Alto à combattre la nouvelle menace extraterrestre.