

Après avoir détruit la Terre il y a de nombreuses années, la race extraterrestre Gauna poursuit les restes de l'humanité, qui, s'étant échappée de justesse, s'est enfuie à travers la galaxie dans un certain nombre de vaisseaux de semences géants. En l'an 3394, Nagate Tanikaze sort de son isolement au fond du navire de semence Sidonia à la recherche de nourriture sur les niveaux supérieurs, seulement pour se retrouver traîné dans des événements se déroulant à son insu. Lorsque la Gauna commence son assaut sur Sidonia, c'est à Tanikaze – avec l'aide de ses camarades soldats et amis Shizuka Hoshijiro, Izana Shinatose et Yuhata Midorikawa – de défendre le dernier espoir de survie de l'humanité et de vaincre ses ennemis extraterrestres. Sidonia no Kishi suit Tanikaze alors qu'il découvre le monde qui a été au-dessus de lui toute sa vie, et devient le héros dont Sidonia a besoin.