
Une veille de Noël, Hana, Gin et Miyuki fouillent des cadeaux à travers des tas d'ordures quand ils chancellent sur un bébé abandonné dans la nuit froide d'hiver. Consterné par la vue pitoyable, l'instinct maternel de Hana s'installe et elle insiste pour trouver la mère biologique du bébé pour demander une explication. Nommant le bébé Kiyoko, c'est-à-dire un enfant pur, ils commencent leur recherche en utilisant les indices possibles laissés à côté d'elle : une clé mystérieuse et une seule note. Cependant, leurs plans sont bientôt jetés dans le désordre alors qu'ils sont pris dans une série d'événements sans précédent. Les Parrains de Tokyo suivent le voyage du trio en se tenant ensemble à travers épais et minces, espérant livrer Kiyoko à sa vraie maison, et trouver leur propre miracle de Noël.