
Alors que la saison passe du printemps à l'été, Makoto Yuuki reste aux côtés de la Specialized Extracurricular Execution Squad (SEES). L'équipe continue de vaincre les Ombres grandes et petites, mais elles se heurtent maintenant à un nouvel ennemi : Strega, un groupe d'utilisateurs voyous de Persona qui souhaitent garder l'Heure Noire à leur avantage – il semble que Strega puisse avoir un indice de la vraie nature de l'Heure Noire. Alors que SEES bénéficie de vacances d'été à Yakushima, ils sont rejoints par Aegis, un androïde amnésique conçu pour détruire les Ombres. Alors qu'elle se révèle être un allié puissant, elle est inexplicablement attirée par Makoto et reste constamment à ses côtés. Tandis qu'ils plongent plus profondément dans les mystères de l'Heure noire, la nature du lien mystérieux qui unit ces deux-là est lentement dévoilée.