
Au coup de minuit, l'Heure noire apparaît, heure secrète dont la plupart ignorent. Ceux qui ne sont pas pris au piège dans les cercueils pendant cette période, assez malheureux pour se retrouver conscients, sont accueillis par des créatures dangereuses appelées Ombres. Quelques-uns possèdent cependant le potentiel de manier Persona : un pouvoir spécial utilisé pour vaincre ces êtres. Ce groupe secret s'appelle SEES (Squad d'exécution extrascolaire spécialisée), et leur mission est de découvrir la raison derrière l'apparition de l'Heure Noire. Peu de temps après le transfert de l'étudiant Makoto Yuuki commence sa résidence à Iwatodai Dorm, sa Persona se réveille après une attaque par une forte Ombre. Maintenant recruté dans les rangs des SEES, il commence à se battre aux côtés de ses camarades, car seuls ils peuvent protéger l'humanité des Ombres et prévenir l'anomalie qui est l'Heure Noire.