
Alors que la saison d'automne approche de sa fin, Chidori Yoshino, membre de Strega, enlève Junpei Iori. Pendant ce temps, Makoto Yuuki et l'Escouade spécialisée d'exécution extrascolaire (SEES) annihilent l'Arcana Hanged Man. Peu de temps après, un mystérieux playboy nommé Ryouji Mochizuki transfère dans la classe 2-F du lycée de Gekkoukan. Apparemment ayant atteint leur but, les membres du SEES croient être libérés de la bataille qui a impitoyablement volé la vie de leurs proches. Et pourtant, le Tartare et l'Heure Noire continuent d'exister, sans être ébranlés par l'extermination de la douzième ombre. Dérangé par leur échec apparent, SEES doit faire face à leurs luttes personnelles et découvrir pour qui ils se battent. Comme les voyages de Makoto et Junpei de la découverte de soi progressent, l'identité de Ryouji et la raison derrière la haine d'Aegis pour lui deviennent claires.