
Makoto Naegi, un adolescent sans talent remarquable, est surpris d'apprendre qu'il a été accepté dans la Peak Private Academy de Hope : une école d'élite qui rassemble les meilleurs élèves de différents domaines. Bien qu'il ait cru que son admission n'était qu'un hasard, Naegi est ravi d'assister à une institution connue pour son succès auprès de ceux qui obtiennent leur diplôme. Déterminé, il entre aux portes de la prestigieuse académie. Cependant, après avoir perdu connaissance à l'intérieur, Naegi se réveille dans une classe apparemment abandonnée. Faute de comprendre comment il est arrivé là, Naegi commence à explorer, et à sa surprise, trouve ses camarades de classe réunis dans le gymnase. Alors que tout le monde essaie de comprendre ce qui s'est passé, ils sont confrontés à la directrice de l'école – Monokuma, un ours en peluche robotisé. Le mystérieux jouet explique que les jeunes gens sont piégés à l'intérieur de l'école avec un seul moyen de s'échapper – tuer un camarade de classe sans être découvert. La tension remplit l'air comme Naegi et ses camarades de classe se rendent compte qu'ils sont confrontés à deux choix : participer au jeu de meurtre de Monokuma, ou résider ensemble dans l'école pour le reste de leur vie.