

Conan est le seul enfant né sur l'île Remnant, un endroit installé par un groupe de réfugiés alors qu'ils ont fui une vague terrifiante de bombes magnétiques qui ont détruit la plupart de l'humanité. Après 20 ans, la plupart des naufragés sont morts, sauf pour Conan et le sage vieillard qui l'a élevé. Croyant que l'île de Remnant est le dernier endroit habité sur Terre, Conan est choqué quand il découvre une jeune fille nommée Lana qui s'est lavée sur la plage un jour. Bien qu'il soit ravi d'apprendre que l'humanité a survécu, Lana lui dit que la nation d'Industria veut qu'elle soit otage pour forcer son grand-père, le Dr Lao, à alimenter leurs machines. Leur conversation est écourtée lorsque Monsley, le meilleur pilote d'Industria, apparaît soudainement et saisit Lana. Déterminé à la sauver, Conan part immédiatement de l'île Remnant et commence un voyage qui déterminera finalement le sort du monde.