
Trois ans après la guerre, Mahito Maki perd sa mère dans un incendie tragique à l'hôpital. Peu après, son père épouse Natsuko, la sœur cadette de la mère de Mahito. Ils emmènent Mahito de Tokyo chercher refuge dans la maison rurale de sa mère. Là, Mahito est constamment attiré par un étrange héron gris, qui semble s'être intéressé à lui. Incapable de faire face à sa perte et de s'adapter à une nouvelle vie dans un endroit inconnu, le garçon est choqué de découvrir que Natsuko est enceinte. Pour aggraver les choses, le héron piquant peut parler – et prétend que la mère de Mahito est encore en vie. En l'aidant dans une tour mystérieuse près de la résidence, le héron dit que Mahito peut la sauver de la mort, mais le garçon n'est pas facilement balayé. Cependant, quand Natsuko disparaît un jour, Mahito la regarde entrer dans la tour et devient obligée de s'aventurer pour la sauver. Il se retrouve bientôt en train de tomber dans un autre monde sous le sien, où la vie et la mort semblent être liées. Alors qu'il navigue dans ce royaume étranger pour trouver Natsuko, Mahito doit comprendre ce que signifie vivre s'il veut rentrer chez lui en toute sécurité.