
Avec le divorce de ses parents, Koyomi Hidaka, sept ans, prend la décision importante de vivre avec son père. En tant que chercheur à l'Institut japonais des sciences virtuelles, le père de Koyomi est impliqué dans l'étude du phénomène des mondes parallèles. Grâce au travail de son père, le jeune garçon rencontre Shiori Satou, fille d'un autre chercheur divorcé. Bientôt devenus amis, les deux passent une grande partie de leur enfance ensemble. Alors que Koyomi et Shiori se rapprochent au fil des ans, les deux ont l'intention de se marier à l'avenir. Cependant, leur plan s'arrête lorsque leurs parents décident de se marier. Maintenant obtus à être des demi-frères, les deux amis refusent d'accepter leur nouvelle réalité. En utilisant les recherches de leurs parents, Koyomi et Shiori s'échappent dans un monde parallèle pour recommencer leur vie ensemble, seulement pour faire face aux répercussions qui mettront en danger les avenirs mêmes qu'ils s'affrontent.