
Suite aux événements de Satsujin Kousatsu (Zen), Shiki Ryougi est dans le coma depuis deux ans en raison d'un accident de la route. Quand elle se réveille enfin, elle n'a aucun souvenir de son passé et est tourmentée par une profonde solitude. Même étranger, elle remarque des lignes sombres englobant les choses qui l'entourent, et si elle les touche, elle peut démonter l'objet – quelque chose qui la terrifie complètement. Son amie, Mikiya Kokutou, fait appel à l'aide de Touko Aozaki, un mage qui peut aider Shiki à comprendre ce que ses yeux – les « yeux mystiques de la perception de la mort » – sont vraiment capables et comment les utiliser correctement.