

Tetsurou Hoshino est un garçon qui s'est penché sur l'obtention d'un corps mécanique immortel afin de se venger du meurtrier de sa mère, l'homme machine Comte Mecha. Cependant, en raison du coût incroyable d'obtenir ce qu'il cherche, son seul espoir est de voler une carte d'embarquement pour le Galaxy Express 999, un train spatial qui traverse la galaxie et dont l'arrêt final est une planète où les remplacements métalliques sont fournis gratuitement. Après avoir balayé un passage, Tetsurou est poursuivi par la police et finit par s'effondrer dans les bras d'une mystérieuse femme nommée Maetel, qui ressemble étroitement à sa mère. Une fois qu'il se réveillera, elle lui dira qu'elle lui donnera accès au 999 tant qu'il acceptera de voyager avec elle. Acceptant sa proposition, Tetsurou monte sur le chemin de fer cosmique avec Maetel et commence un voyage à travers la galaxie.