

Dans un avenir lointain, l'humanité a trouvé un moyen de vivre éternellement en achetant des corps mécaniques, mais cette façon d'immortaliser est extraordinairement coûteuse. Un garçon pauvre, Tetsurou Hoshino, veut acheter un laissez-passer sur le Galaxy Express 999 – un train qui voyage à travers l'univers – parce qu'on dit qu'à la fin de la ligne, ceux à bord peuvent obtenir un corps mécanique gratuitement. Quand la mère de Tetsurou est abattue par le méchant hybride machine-homme Comte Mecha, cependant, tout semble perdu. Tetsurou est alors sauvé de la mort par le mystérieux Maetel, une grande femme aux cheveux blonds et une ressemblance frappante avec sa mère. Elle lui donne un laissez-passer pour le Galaxy Express à une condition : qu'ils voyagent ensemble. Ainsi, Tetsurou commence son voyage à travers l'univers vers de nombreuses planètes uniques et des aventures passionnantes, dans l'espoir de pouvoir atteindre ce qu'il désire le plus.