
Dans la ville souterraine sombre de Lux, les gens vivent dans la peur et le désespoir sous la domination de diverses factions criminelles. Presque isolées de la surface, la seule interaction des gangs avec le monde extérieur est leur exploitation minière de "raffia", qui est la raison d'être de la ville. Disponible uniquement en Lux, cette substance rare est la base des transplantations de "texhnolyze" qui permettent aux humains de remplacer des parties de leur corps par des prothèses cybernétiques. Ces derniers ont la particularité de ne pas déclencher une réponse immunitaire chez leurs hôtes et la «classe» a le privilège de mener des recherches sur eux. Cette organisation insaisissable, également en charge de la production de raphia, délègue son pouvoir exécutif à un groupe appelé Organo dirigé par Keigo Oonishi, un homme légitime aux jambes texhnolyzées qui est dit pour entendre la « voix de la ville ». Le fragile équilibre des pouvoirs dans Lux est perturbé quand un mystérieux visiteur nommé Kazuho Yoshii commence à commettre une série de crimes qui mettent les gangs à la gorge de l'autre. Au milieu du chaos, de nouveaux acteurs émergent : Ichise, un ex-boxeur mutilé par Organo et récemment texhnolizé par Eriko "Doc" Kamata ; et Ran, un jeune fleuriste qui peut voir l'avenir. Alors que Lux plonge régulièrement dans la folie, Ichise et Ran se retrouvent impliqués dans la plus grande crise que la ville ait jamais connue.