
Un jour, dans la ville animée de Shibuya, un garçon nommé Neku Sakuraba se retrouve tenant deux épingles noires qui lui permettent de lire l'esprit des gens autour de lui. Cependant, ces épingles lui donnent aussi la capacité de voir le "bruit", créatures hostiles capables de "effacer" les gens de l'existence. Après avoir découvert qu'il est piégé dans les confins de la ville, Neku reçoit un message concernant une mission qui l'effacera quand même s'il échoue. En essayant de repousser une attaque de bruit, Neku rencontre une fille nommée Shiki Misaki qui lui demande de former un pacte de partenariat avec elle pour lutter contre les monstres. Shiki explique qu'elle et Neku sont devenues des « Joueurs » participant au « Reaper's Game », un événement qui s'étend sur sept jours, chacun comportant une mission différente. Alors que Neku et Shiki s'efforcent tous deux de survivre chaque jour qui passe, ils commencent à rencontrer d'autres Joueurs et Reapers, bataillent plus fort bruit, et apprennent la vérité derrière le mystère dans lequel ce jeu est enveloppé.