

Un jour après l'école, le lycéen Yomogi Asanaka rencontre un homme affamé sous un pont. Se présentant comme Gauma, l'étrange dériveur informe Yomogi qu'il est un « utilisateur de kaiju », une personne qui traite avec le « kaiju », des monstres qui portent préjudice à la ville et à ses citoyens. Le lendemain soir, Yomogi entre dans Gauma et son camarade de classe Yume Minami. Simultanément, un kaiju apparaît dans une zone peuplée de la ville. En raison du manque d'expérience de Gauma en contrôlant le kaiju, il sort un objet mystérieux d'une poche brillante, invoquant un robot géant appelé Dynazenon. Exigeant la coopération de quatre personnes, la mecha traîne Gaume, Yomogi, Minami et Koyomi Yamanaka, un chômeur qui errait dans la rue, dans son cockpit. Leur rencontre avec le kaiju marque le début de leur enchevêtrement avec les eugénistes kaiju – utilisateurs de kaiju qui manipulent le kaiju avec mal intention – et leurs efforts pour mettre en valeur le plein potentiel de Dynazenon.