

Lycée science-whiz Makoto Mizuhara travaille sur son nouveau projet en préparation pour le festival scolaire, aux côtés de son meilleur ami Nanami Jinnai. Le frère de Nanami et le rival de Makoto, le président sans scrupules du conseil étudiant Katsuhiko Jinnai, est sous surveillance pour avoir mal géré la planification du festival scolaire et est convaincu que Makoto complote pour voler sa position. Un soir, alors que Makoto et Nanami font une pause avec leur professeur Masamichi Fujisawa, Jinnai se faufile dans le laboratoire scientifique et sabote l'appareil de Makoto, qui ouvre soudain un portail qui les plonge dans un autre monde ! À son arrivée, Makoto est immédiatement attaqué par une horde de monstres géants. En fuyant, il rencontre Fujisawa et une fille nommée Rune Venus. Après que Fujisawa se soit battu contre les monstres, un groupe de dignitaires arrive, à la recherche de Rune, leur princesse. Ils informent Makoto et Fujisawa qu'ils sont dans un monde appelé El-Hazard et les ramènent au palais de Roshtaria, leur royaume. Bien que ses conseillers se méfient des nouveaux arrivants, Rune ordonne qu'ils soient traités comme des invités et deviennent rapidement amis Makoto. Ne sachant pas que Nanami et Jinnai sont aussi dans ce monde, Makoto se met au travail en essayant de trouver un moyen de retourner sur Terre.