

À la fin du XIXe siècle, alors que la période cruelle de Bakoumatsu s'achève, une nouvelle ère Meiji marque l'ère de la restauration pour le Japon. Avec la guerre finie, son célèbre héros Hitokiri Battousai a disparu en l'air, laissant seulement sa légende derrière lui. Des années plus tard, Kenshin Himura rencontre Kaoru Kamiya, propriétaire d'un dojo local en difficulté à Tokyo. Kaoru poursuit un Battousai autoproclamé qui erre dans les rues, tuant sans discrimination des citoyens et des policiers. De plus, le guerrier prétend utiliser le Kamiya Kasshin-ryu – un style d'épée développé par le père de Kaoru profondément enraciné dans l'essence de la vie, pas la mort. Kenshin décide d'aider Kaoru à faire tomber l'imposteur et à restaurer le dojo de son père. Inconnu de tous, Kenshin n'est autre que le vrai guerrier dont le nom terrifie encore le peuple. Bien que Kaoru apprend finalement la vérité, son serment d'expier pour son histoire meurtrière en protégeant sans sang les faibles la pousse, et elle accueille Kenshin pour rester à son dojo. Cependant, les idéaux de Kenshin sont bientôt remis en question par les fantômes du passé et les ennemis du présent.