
En 2113, le Ministère des affaires étrangères a dissous leur unité paramilitaire secrète connue sous le nom de Peacebreakers. Cependant, l'équipe a disparu, et leurs activités sont restées un mystère. Cinq ans plus tard, les Peacebreakers refont surface lorsqu'ils assassinent Milcia Stronskaya, scientifique en possession de documents hautement classifiés essentiels à l'avenir du système Sybil – la structure de surveillance japonaise qui détecte les criminels potentiels dans la société. Afin d'enquêter sur cet incident et de se préparer à un affrontement contre les briseurs de paix en coordination avec le Ministère de l'intérieur, le chef du Bureau de la sécurité publique décide de recruter à nouveau l'ex-Exécuteur Shinya Kougami. Après avoir déserté il y a des années, Kougami travaille actuellement pour le MFA sous le commandement de Frederica Hanashiro. Le retour de Kougami crée des tensions entre lui et ses anciens collègues Akane Tsunemori et Nobuchika Ginoza, mais ils doivent mettre de côté leurs rancunes passées pour se concentrer sur la sécurité du système Sybil.