
Alors qu'ils continuent leur voyage dans la région de Johto, Satoshi et ses amis visitent Altomare, une ville insulaire qui accueille un événement annuel de course appelé Pokémon Water Race. Alors que Takeshi et Kasumi s'amusent, d'étranges choses semblent arriver à Satoshi – il perd en quelque sorte la course d'eau, voit certaines femmes attaquer une fille avec leur Pokémon, et malgré qu'elles la sauvent, la fille nie plus tard avoir jamais vu Satoshi et Pikachu auparavant ! Heureusement pour Satoshi, sa confusion s'éclaire lorsqu'il apprend que la fille qu'il a sauvée avec Pikachu était en fait un Pokémon nommé Latias, qui aime se déguiser en son ami humain, Kanon. Latias et un autre Pokémon, Latios, sont connus sous le nom d'Eon Pokémon, alors qu'ils habitent et gardent Altomare avec une sphère mystique bleue appelée la Dew de l'âme. Une ancienne légende d'Altomare est très liée à l'Eon Pokémon et à la Soul Dew, et est bien connue parmi les habitants – ainsi que parmi les assaillants précédents de Latias, les sœurs voleures Zanner et Lyon. Alors que les voleurs tentent de capturer à la fois l'Eon Pokémon et la Soul Dew, Satoshi est forcé d'agir pour les empêcher d'apporter un désastre à Altomare.