

Jeune enfant, Takashi Natsume croyait que sa capacité à voir Youkai n'était qu'une malédiction. Maintenant élève du secondaire, Natsume a réussi à guérir de ses vieilles blessures et à former des liens inébranlables avec les humains et les youkaï. Les nouvelles amitiés de Natsume, dont celle avec son garde du corps, Madara, surnommé "Nyanko-sensei", sont souvent entrelacées avec son devoir de rendre les noms des esprits écrits dans le Livre des Amis, le souvenir de sa grand-mère Reiko. Alors que plus remarquable youkai l'approche, Natsume découvre qu'il a encore beaucoup à apprendre sur le monde qui l'entoure.