
Takashi Natsume et son compagnon d'esprit Madara, surnommé "Nyanko", continuent de renvoyer les noms des esprits du Livre des Amis donné par sa défunte grand-mère Reiko Natsume. En rentrant de l'école un jour, Takashi rencontre un esprit rôdant nommé Monmonbou, qui rappelle les souvenirs de la grand-mère de Takashi après avoir entendu son nom. La curiosité naturelle de Takashi l'amène à explorer une ville mystérieuse où sa grand-mère vivait. Devenue amie de son ancienne connaissance Yorie Tsumura et du fils de Yorie Mukuo, Takashi dévoile davantage du passé de sa grand-mère. Pendant ce temps, Nyanko fait des détours pour se nourrir et trébucher sur une "Semence spirituelle" suspecte, qui pousse miraculeusement dans un arbre fruitier pendant la nuit. Se livrant à la tentation, Nyanko consomme le fruit, le divisant en trois. Cherchant une solution à la situation difficile de Nyanko, Takashi et ses amis prêtent main forte, découvrant de façon inattendue d'autres secrets que la ville détient dans le processus.