

En raison d'une capacité inhabituelle de voir des créatures étranges appelées youkai, Takashi Natsume n'a jamais été intégré. Passé d'une famille d'accueil à une autre, il fut isolé et seul. Avec le temps, il a accepté que personne ne le croie jamais et s'est fermé à ses gardiens et camarades de classe actuels. Quand Natsume brise accidentellement une barrière immatérielle, il libère Madara, un esprit puissant sous la forme d'un chat chanceux. Madara remarque que Natsume ressemble de façon remarquable à sa défunte grand-mère Reiko Natsume, une fille qui s'est fait connaître à travers le monde youkai pour la création du Livre des Amis. Il est maintenant en possession de Natsume, ainsi que son pouvoir de faire appel aux noms écrits du youkai Reiko avait vaincu. Sans s'intéresser à ses pouvoirs, Natsume décide de garder le livre pour le bien de sa grand-mère et de le protéger contre le scheming youkai. Par conséquent, il fait un marché avec Madara: il lui remettra le livre une fois son temps passé, et à son tour, Madara agira comme garde du corps officieux de Natsume, surnommé Nyanko-sensei. Avec son nouvel objectif de libérer ces Reiko avait scellé, la relation de Natsume avec les deux youkai et les humains commence lentement à s'améliorer.