
À la recherche de l'amour véritable, Kanako Miyamae transfère à Ame no Kisaki l'école catholique, inspirée par la façon dont ses parents sont tombés amoureux les uns des autres. Il n'y a qu'une différence : parce que les hommes font de Kanako des ruches, elle est en fait venue à l'école des filles pour trouver un partenaire du même sexe. Quand elle rencontre la belle Mariya Shidou, Kanako croit avoir trouvé quelqu'un de spécial ; cependant, il y a plus à Mariya qu'il ne rencontre l'œil – il s'avère que le premier amour de Kanako est en fait un garçon de travestissement. Mariya menace d'exposer les intentions impures de Kanako à moins qu'elle ne garde son vrai sexe secret, et pour aggraver les choses, il remplace également son colocataire d'origine afin qu'il puisse maintenant garder un œil sur elle. Maria†Holic suit Kanako cherche l'amour dans tous les mauvais endroits et cherche la fille de ses rêves, c'est-à-dire, si elle peut survivre étant la colocataire de Mariya !