
Un jeune garçon nommé Jiro trouve sa mère et sa sœur assassinées chez lui. Faux accusé de ce crime, il s'enfuit de son village et rencontre un prêtre nommé Tenkai, qui lui fait tuer un ninja voyou nommé Tarouza. Après avoir accompli cette tâche, Jiro suit une formation pour devenir maître assassin. Plusieurs années plus tard, Jiro découvre qu'il était orphelin et que son vrai père était Tarouza, qui avait travaillé pour Tenkai jusqu'à ce qu'il ait avorté sa mission quand il est tombé amoureux d'une Aïnu. Le jeune ninja découvre que le Shogunat devait récupérer le trésor perdu du capitaine Kidd et l'utiliser pour isoler de nouveau le Japon du reste du monde. À l'aide des indices que Tarouza avait gardés secrets, Jiro – avec la femelle ninja Oyuki et un esclave nommé Sam – se rend en Russie et en Amérique pour chercher le trésor dans l'espoir de l'utiliser pour se venger de Tenkai.