
Clannad: Mou Hitosu no Sekai, Tomoyo-hen est placé dans une réalité alternative où Tomoya Okazaki sort avec son junior, Tomoyo Sakagami. Tomoyo a été élu prochain président du conseil des élèves. C'est une bonne nouvelle car elle peut maintenant travailler vers son objectif d'empêcher que les cerisiers de l'école ne soient hachetés. Bien que Tomoya soit extatique pour elle, étant donné sa réputation de délinquant à l'école, sa relation avec Tomoyo en fait le sujet de ragots autour du campus, ce qui pourrait compromettre sa position de présidente du conseil des étudiants. La désapprobation de leur relation par la communauté scolaire devient plus évidente lorsque le vice-président du conseil des élèves et même l'administration de l'école mettent Tomoya en garde contre Tomoyo. Avec la mauvaise atmosphère qui élargit le fossé entre Tomoya et Tomoyo, Tomoya succombera-t-elle à la pression sociétale et fera-t-elle ce qu'ils disent, ou leur amour les uns pour les autres s'élèvera-t-il au-dessus de tout ?