
Des centaines d'années après le XXe siècle, la nature et l'écosystème ont été dévastés par l'utilisation d'armes nucléaires et biologiques. La majeure partie de la Terre a été contaminée et s'effondre, et une grande majorité de plantes et d'animaux sont maintenant éteints. Le monde se dirige vers le "Grand Six", sixième phénomène d'extinction massive. L'humanité a construit des villes dans le ciel, migreant les espèces d'animaux et de plantes menacées. Pendant de nombreuses années, les animaux ont évolué dans ces villes isolées. Avec le croisement génétique artificiel, ils acquièrent le langage, la bipédalité, et construisent une vie et une civilisation pour eux-mêmes libres du besoin. Personne ne pense plus au monde en dessous. Un jour, une seule graine erre dans l'une des villes du ciel, et les enfants Kui, Hiruma et Root la découvrent. Incapables de résister à la tentation de regarder dans le monde extérieur, ils décident d'entreprendre une aventure dans le monde extérieur, sans savoir qu'une fois qu'ils auront posé les pieds sur terre, ils ne pourront jamais revenir.