
Après avoir retrouvé ses sens, Yui Furukawa découvre que la journée actuelle est le 13 juillet, point de départ qu'elle n'a jamais connu auparavant. Cependant, malgré des circonstances inconnues, elle décide de passer ses vacances d'été avec les autres membres du club d'astronomie de la villa familiale de Nagisa Hanamiya. La maison et ses environs ont une riche histoire; un scientifique renommé, l'arrière-grand-mère de Nagisa a étudié et développé la technologie dans l'usine militaire voisine. Alors que le club d'astronomie s'amuse à la plage, une tempête soudaine arrête leurs plans court. Parti sans autre choix, le groupe s'abrite à l'usine abandonnée, les conduisant finalement à explorer un bunker souterrain caché. Ce qu'ils y rencontrent peut révéler un lien sans précédent avec un avenir perdu.