

En 2199, la race gamilon déclare la guerre aux humains, dans l'intention de prendre la Terre pour elle-même. Les combattants sur Terre font tout ce qui est en leur pouvoir pour maintenir la planète stable, mais la technologie extraterrestre s'avère beaucoup trop avancée, et la destruction qui en résulte rend la surface de la planète Terre complètement inhabitable. Les abris souterrains deviennent également faibles, et si rien ne change, les humains disparaîtront en moins d'un an. Mais juste quand tout semble perdu, la Reine Starsha de la planète Iscandar offre une aide. La clé de la victoire réside dans le Cosmo-Cleaner D, qui peut éliminer les radiations dont souffre la Terre. Cependant, la seule façon d'obtenir une prise de ce dispositif de sauvetage est si quelqu'un de la Terre va à Iscandar (148,000 années-lumière) pour le récupérer. Le problème, c'est qu'ils ont moins d'un an avant que le temps s'épuise. Le sort de toute la race humaine est entre les mains de l'équipage d'un vaisseau de la Seconde Guerre mondiale, le vaisseau de combat Yamato.