

Dans la terre magique cachée de Gensokyo, la jeune fille du sanctuaire Reimu Hakurei veille constamment à ce que les incidents surnaturels impliquant des créatures mythiques connues sous le nom de youkai restent aussi rares que possible. Dans le cadre des traditions de son sanctuaire, elle organise un banquet d'été annuel qui invite une variété d'invités, allant des humains aux plus forts de youkai. Le matin du banquet, cependant, la boîte de don du sanctuaire disparaît soudainement. De plus, il ne semble y avoir aucune trace de vol. Alors que Reimu, son amie Marisa Kirisame, et la journaliste Aya Shameimaru enquêtent sur la situation, ils se rendent compte que d'autres ont aussi des biens manquants. À chaque étape de la mise en scène du puzzle, le groupe comprend bientôt que ce phénomène est plus que simple, un incident au même titre que la brume de Remilia Scarlet ou la fleur de cerise de Yuyuko Saigyouji.